明治40年3月　舞鶴海軍工廠職工共済会病院として創立され、専ら海軍工廠の組合員およびその家族の診察に従事していましたが、終戦により海軍省の解体とともに、昭和20年10月　財団法人共済協会舞鶴共済病院として一般市民の診療にあたることとなりました。

昭和25年12月　旧令特別措置法により、共済協会は解散し、病院の運営は非現業共済組合連合会（昭和33年　法改正により現名称に変更）の管理病院（旧令病院部）となり、国家公務員及びその家族や一般市民の医療機関として今日に至っています。